Pada kenyaataanya Madrasah merupakan salah satu lembaga pendidikan Islam yang tertua, yang memiliki kiprah panjang dalam dunia pendidikan di 
Mengacu pada  UU No 20 tahun 2003 tentang System Pendidikan Nasional maka tidak ada lagi dikotomi antara madarasah dengan sekolah dalam hal kebijakan pembangunan pendidikan.bahkan dalam UU tersebut di amanatkan bahwa anggaran pendidikan adalah 30 % dari APBN hal ini tentunya merupakan momentum yang tepat untuk membangun madrasah yang unggul dan berkualitas.
Namun permasalahannya justru kebijakan pendidikan masih mengalami dikotomi antara madarasah yang di kelola oleh ( DEPAG ) dan Sekolah ( DIKNAS ) hal ini di akibatkan pada desentralisasi  kewenangan pemerintah pusat pada pemerintah daerah dimana pemerintah daerah ( PEMDA ) menganggap bahwa pendidikan agama merupakan kewenangan pemerintah pusat yang dalam hal ini alokasi dananya  berasal dari anggaran depatemen agama.sehingga kontribusi nya pada pengembangan madrasah sangat minim.
Menurut sumber dari departemen agama bahwa madrasah sebagai lembaga pendidikan yang berbasis masyarakat masih tampak sangat kuat sekitar 91.2 % dari jumlah seluruh madrasah itu bersatatus swasta dan 8.8% berstatus negeri.
Berdasarkan sumber itu artinya bahwa madrasah yang di kelola oleh swasta itu mendominasi dan dalam hal ini kalau melihat kualitas pendidikan madrasah tentunya masih jauh dari harapan walaupun sudah ada madrasah yang bertaraf internasional tetapi masih sedikit jumlahnya.
Melihat kondisi objektifnya madarsah yang dikelola oleh swasta masih banyak mengalami kendala-kendala untuk mencapai   arah  madrasah yang memiliki keunggulan dan berkualitas yang sesuai dengan harapan masyarakat, hal ini di sebabakan 
1.       Kualitas pendidik
Kualitas pendidik  masih di bawah standar hal ini bisa di lihat di beberapa madrasah  yang SDM nya atau tenaga pendidiknya tidak sesuai dengan dengan standar yang di tetapakan ( SNP ) . Jika kita merujuk  pada UU No 14 tahun 2005 tentang guru dan dosen di jelaskan bahwa tenaga pendidik mulai dari TK/RA s/d SMA/MA itu harus berstrata  S1.tetapi fakta di lapangan jelas sekali masih sedikit madrasah terutama MI memenuhi standar tersebut padahal factor guru dalam pendidikan itu sangat menentukan keberhasilan anak didik dalam menuntut ilmu.
2.       Tata kelola atau (manajemen)
Tata kelola manajemen yang di terapkan  madrasah masih mengacu pada pandangan / paradigma yang lama dan tradisional  tidak  melihat bagaimana madrasah ini menjadi madrasah yang memiliki keunngulan dan berkualitas hal ini di sebabkan hampir sebagaian besar madrasah itu pengelolaanya oleh swasta / masyaarakat. 
3.       Sarana Dan Prasarana 
Berbicara sarana dan prasarana untuk madrasah apalagi yang pengelolaanya swasta/ masyarakat tentunya masih jauh dari harapan mengingat terbatasnya sarana yang dimiliki oleh madrasah tersebut, padahal sarana merupakan factor penunjang keberhasilan dalam pendidikan 
4.       Anggaran ( Budget )
Anggaran atau dana akan menjadi penentu kualitas  dalam pengelolaan pendidikan.
 
 "Allah! 
      None has the right to be worshipped but He, the Ever Living, the One Who 
      sustains and protecs all the exists. It is Who has sent down the Book (Al 
      Quran) to you with the truth, confirming what came before it, and He sent 
      down the Taurat (Torah) & the Injil (Gospel)."
(Surah Ali 
      Imran: 2-3)
"Allah! 
      None has the right to be worshipped but He, the Ever Living, the One Who 
      sustains and protecs all the exists. It is Who has sent down the Book (Al 
      Quran) to you with the truth, confirming what came before it, and He sent 
      down the Taurat (Torah) & the Injil (Gospel)."
(Surah Ali 
      Imran: 2-3)
 

